El 19 de abril de 2010, tuvo entrada en la Comisión Nacional de la Competencia escrito del Consell Insular de Ibiza por el que se formulaba denuncia contra Trasmediterránea y Balearia por supuestas conductas prohibidas en la Ley de Defensa de la Competencia, consistentes en la adopción de acuerdos cuyo objeto sería el reparto de mercado y la fijación de precios y/o de condiciones comerciales así́ como en la imposición de precios y condiciones comerciales no equitativos en el mercado de transporte marítimo regular de pasajeros y mercancías entre la Península y Baleares.
Tras llevar a cabo las correspondientes inspecciones en las sedes de Trasmediterránea y de Balearia en mayo de 2011, la Dirección de Investigación de la CNC decidió́ incoar expediente sancionador (S/0244/10 Navieras Baleares) contra Balearia Eurolíneas Marítimas, S.A., Compañía Trasmediterránea, S.A e Isleña Marítima de Contenedores, S.A. por posibles conductas anticompetitivas consistentes en la adopción de acuerdos cuyo objeto sería el reparto del mercado y la fijación de precios o de otras condiciones comerciales o de servicio en el transporte marítimo regular de pasajeros y mercancías en las líneas Península-Baleares e interinsulares. Posteriormente se amplió la incoación a las empresas Sercomisa y Mediterránea Pitiusa, así́ como a la comunidad de bienes Trasmapi-Balearia.
En su Resolución de 23 de febrero de 2012, el Consejo de la CNC considera acreditada la participación, entre los años 2001 y 2010, de las empresas Balearia Eurolíneas Marítimas, S.A., Compañía Trasmediterránea, S.A., e Isleña Marítima de Contenedores, S.A. en un cártel de fijación de precios y de otras condiciones comerciales o de servicio, de limitación o control de la producción y de reparto de mercado en las líneas de transporte marítimo de mercancías y pasajeros que unen la Península con las Islas Baleares, incluidas las líneas entre Menorca y Mallorca, y entre Ibiza y Mallorca.
Además, entre los años 1995 y 2011, las empresas Balearia Eurolíneas Marítimas, S.A., Sercomisa y Mediterránea Pitiusa, S.L. llegaron a distintos acuerdos cuyo objeto era el reparto de mercado del transporte marítimo entre Ibiza y Formentera.
Por todo ello, el Consejo de la CNC ha resuelto imponer las siguientes multas: 36.110.800 € a Compañía Trasmediterránea, SA; 15.945.484 € a Balearia Eurolíneas Marítimas, SA; 495.826 € a Isleña Marítima de Contenedores, SA; 1.155.205 € a Servicios y Concesiones Marítimas Ibicencas, SA (Sercomisa; 402.453 € a Mediterránea Pitiusa, SL.
En 2011 el Consejo de la CNC ya sancionó a distintas navieras, entre las que se encontraban también Balearia Eurolíneas Marítimas, S.A. y Compañía Trasmediterránea, S.A., por su participación en acuerdos sobre reparto de mercado, fijación de precios, coordinación de horarios y fijación de condiciones comerciales para las agencias en el transporte marítimo de pasajeros y vehículos en la línea Algeciras – Ceuta. En esa ocasión se les impusieron multas por un importe total de 2.351.689 € y 12.102.969 €, respectivamente
