En 2012 la Escola Europea de Short Sea Shipping recibió una subvención de la Dirección General de Transportes del Ministerio de Fomento en el marco del Programa de Ayudas para la Formación en relación al Transporte por Carretera. Gracias a esta ayuda, la Escola ha podido organizar durante el primer semestre de 2013, seis cursos de 30 horas en logística intermodal.
Los cursos, celebrados en Barcelona, se compusieron de clases teóricas y prácticas. Los participantes visitaron un barco Ro-Pax y varias áreas vinculadas al transporte del Port de Barcelona. Tanto los contenidos como el caso práctico y las visitas variaban en función del enfoque del curso (logística; contratación y seguros; normativa y leyes; y medio ambiente). Así por ejemplo en el curso enfocado a aspectos medioambientales se realizó la visita al centro de gestión de residuos MARPOL y en el curso de Normativa y Leyes la evaluación fue por examen en lugar de por la resolución del caso práctico.
Los dos primeros cursos de logística intermodal tuvieron lugar en el mes del abril y contaron con la participación del IES Escola Treball. Los dos cursos siguientes, celebrados en mayo, se dirigieron a estudiantes de la EAE Business School, y se enfocaron en la contratación y seguros en el transporte intermodal. A principios de junio, la Escola dio la bienvenida a 23 profesionales del sector español de transporte en un curso de normativa y legislación en el transporte promocionado por la Fundación Privada de Agentes Marítimos de Barcelona. Paralelamente, a mediados de ese mismo mes de junio, la Escola finalizó el sexto curso, que abordó temas relacionados con el medio ambiente. Este curso, organizado para estudiantes del IES Milà i Fontanals, el INS Eugeni d’Ors, el IES Jaume Mimó y la Universidad de Deusto, tuvo lugar entre los días 10 y 13 de junio de 2013.
La temporada de los cursos culminó el martes, 2 de julio, en el Museu Marítim de Barcelona, donde tuvo lugar la entrega de diplomas a los alumnos que participaron en el curso organizado conjuntamente entre la Escola Europea de Short Sea Shipping y la Fundación Privada de Agentes Marítimos de Barcelona. El acto estuvo presidido por Jordi Forné, presidente de la Fundación, Ángel Montesinos, presidente de la Asociación de Agentes Consignatarios de Buques de Barcelona y Eduard Rodés, director de la Escola Europea de SSS. También estuvieron presentes Beatriz Pérez del Molino, Antonio Vargas y Alfons Royo, profesores del curso, y Àlex Ferrándiz, gerente de la asociación. Se otorgaron tres medallas de la Escola a los tres alumnos con las mejores puntuaciones del curso.