Después de una investigación en profundidad, la Comisión Europea ha concluido que el esquema español de arrendamiento fiscal para la adquisición de buques es parcialmente incompatible con las normas de la UE sobre ayudas estatales. El régimen, implantado en 2002, no fue nunca notificado a la Comisión Europea para que la autorizara previamente, incumpliendo así las obligaciones del Estado. Este régimen ha permitido a agrupaciones de interés económico (AIE) y sus inversores beneficiarse de una ventaja selectiva con respecto a sus competidores. Según las normas europeas, los beneficiarios deben devolver las ayudas en España. Aplicando el principio de seguridad jurídica, la Comisión no pide la recuperación de las ayudas que se concedieron entre principios del régimen en el año 2002 y el 30 de abril de 2007, fecha en que la Comisión declaró públicamente una medida francesa similar a la española.
El vicepresidente de la Comisión Europea responsable de la competencia, Joaquín Almunia, ha declarado: «Las agrupaciones de interés económico y sus inversores se han beneficiado ilegalmente de ventajas fiscales que ahora tienen que volver a España. De cara al futuro, existe un régimen fiscal no selectivo aprobado por la Comisión en noviembre de 2012 que puede utilizarse, entre otras, para financiar el sector naval. Este régimen es plenamente compatible con las normas europeas y ofrece, por tanto, toda la seguridad jurídica necesaria a los inversores. Espero que todas las partes puedan utilizarlo lo antes posible».
Debido a diversas denuncias procedentes principalmente del sector de la construcción naval de otros Estados miembros, en junio de 2011 la Comisión inició una investigación detallada sobre el régimen español de arrendamiento fiscal. En este régimen, una empresa naviera no adquiere un barco directamente a un astillero sino mediante una estructura contractual y financiera compleja en la que interviene concretamente una agrupación de interés económico (AIE), instrumento de inversión en régimen de transparencia fiscal para inversores que quieran reducir su base imponible.
En la práctica, la AIE sustituye a la compañía naviera que adquiere el barco, lo toma en arrendamiento fiscal y la amortiza en un plazo de 3 a 4 años desde principio de su construcción. A continuación, la AIE pasa al régimen fiscal exclusivamente en función del tonelaje y un régimen de excepción que las normas europeas reservan a las empresas navieras-y cede el buque a la compañía naviera, de manera que evita el impuesto sobre la plusvalía que haya obtenido. La compañía naviera compra el barco con una rebaja del 20 al 30% sobre el precio de compra facturado por el astillero. Sin embargo, como esta rebaja concede la AIE y no es imputable al Estado, la Comisión considera que no constituye una ayuda estatal para la compañía naviera.
Terminada su investigación, la Comisión ha concluido que este régimen ha otorgado una ventaja competitiva indebido a las empresas miembros de las AIE creadas para estas operaciones. Ahora España debe recuperar las ayudas estatales de las que se han beneficiado estas empresas, con la excepción de aquellas consideradas compatibles con el mercado interior. La comisión estima que la transferencia a las compañías navieras que consiste en una rebaja ha contribuido, en cierta medida, la realización de los objetivos de interés común perseguidos por las Directrices sobre ayudas de Estado al transporte marítimo. Estas ayudas sólo son compatibles con el mercado interior en este aspecto. Ahora corresponde a las autoridades españolas determinar, de conformidad con la decisión de la Comisión, los importes de las ayudas incompatibles que deben recuperarse de las AIE y de sus inversores. De acuerdo con la Decisión de la Comisión, los beneficiarios no pueden trasladar su obligación de devolución a terceros (por ejemplo, los astilleros), tampoco en aplicación de contratos existentes.
Además, la Comisión considera que su Decisión de 2001 relativa ala compañía Brittany Ferries ha podido crear una situación de incertidumbre jurídica el relación a la presencia de ayudas estatales en el régimen español de arrendamiento fiscal. Esta incertidumbre se disipó con la publicación, en abril de 2007, de la Decisión final de la investigación relativa al régimen francés de las AIE fiscales, mencionada en la Decisión de 2001. La Comisión concluyó entonces que este régimen era incompatible con el mercado interior. En el proceso del régimen español, la Comisión ha concluido que no procedía solicitar la recuperación de las ayudas incompatibles concedidas hasta abril de 2007.